Szef Biura Ochrony Rządu podlega ministrowi właściwemu do spraw wewnętrznych, jest przełożonym funkcjonariuszy oraz pracowników zatrudnionych w BOR.

Szefa BOR powołuje i odwołuje Prezes Rady Ministrów na wniosek ministra właściwego do spraw wewnętrznych. Zastępców Szefa BOR, na jego wniosek, powołuje i odwołuje minister właściwy do spraw wewnętrznych.

W razie czasowej niemożności sprawowania funkcji przez Szefa BOR, minister właściwy do spraw wewnętrznych, do czasu ustania przeszkody w sprawowaniu tej funkcji przez dotychczasowego szefa, nie dłużej jednak niż na 6 miesięcy, powierza pełnienie obowiązków Szefa BOR jednemu z jego zastępców.

Szef Biura Ochrony Rządu kieruje formacją i zapewnia sprawne oraz efektywne wykonywanie zadań, w szczególności poprzez:

1. organizowanie ochrony,

2. prowadzenie polityki kadrowej,

3. określanie oraz wykonywanie programu szkolenia funkcjonariuszy i doskonalenia zawodowego pracowników, a także zapewnianie im właściwych warunków i trybu szkolenia,

4. współdziałanie z centralnymi organami administracji rządowej podległymi ministrowi właściwemu do spraw wewnętrznych, jednostkami organizacyjnymi podporządkowanymi, podległymi oraz nadzorowanymi przez ministra właściwego do spraw wewnętrznych lub Ministra Obrony Narodowej oraz innymi organami administracji rządowej i samorządu terytorialnego w zakresie zadań realizowanych przez BOR i te organy.

Szef BOR wykonuje zadania bezpośrednio oraz przy pomocy swoich zastępców i szefów komórek organizacyjnych.

Szef BOR może upoważnić swoich zastępców, a także innych funkcjonariuszy, do podejmowania decyzji w określonych sprawach. Zastępcy Szefa BOR oraz szefowie komórek organizacyjnych wykonują zadania zgodnie z zakresami zadań określonymi przez Szefa BOR.

Wydatki związane z funkcjonowaniem BOR są pokrywane z budżetu państwa w części dotyczącej urzędu ministra właściwego do spraw wewnętrznych.